Il progetto "Ferrovia elettrica Bari-Taranto" prevede la creazione di una linea ferroviaria a trazione elettrica lunga 121 km tra Bari e Taranto parallela alla linea standard. Il progetto "Ammodernamento della linea ferroviaria FSE" dovrebbe accelerare l'ammodernamento della rete gestita da Ferrovie del Sud-Est (FSE) nell'area del Salento, grazie all'installazione di migliori sistemi di segnalazione e di sicurezza e all'acquisto di 4 nuovi treni.
Entrambi gli investimenti derivano dal programma 2007-2013 cofinanziato dall'UE per la Puglia nell'asse prioritario "Reti e collegamenti per la mobilità". L'Unione europea finanzierà tramite il Fondo europeo di sviluppo regionale 44,2 milioni di euro su un investimento totale di 75,9 milioni per il progetto "Linea ferroviaria elettrica Bari-Taranto" e 70,9 milioni di euro su un investimento totale di 121,5 milioni per il progetto "Ammodernamento della rete ferroviaria FSE ".
Si tratta di uno dei "grandi progetti" per i quali l’investimento complessivo (IVA inclusa) è superiore a 50 milioni di euro ed quindi è soggetto a una decisione specifica della Commissione europea, mentre altri tipi di progetti sono approvati a livello nazionale o regionale.
Ad aprile 2013 la Commissione ha approvato un primo investimento per la rete ferroviaria tra Taranto e Bari per la posa di 10,5 km di doppio binario da Bari a Sant’Andrea Bitetto, parte del programma regionale per l'infrastruttura regionale. Il finanziamento dell'Unione europea, tramite il Fondo europeo di sviluppo regionale, è pari a 64,3 milioni di euro su un investimento complessivo di 120,6 milioni.
Lo stanziamento complessivo per la politica di coesione ricevuto dall’Italia ammonta a circa 29 miliardi per il periodo 2007-2013.